Sur Pokémon Emeraude et Rf/Vf, la majorité des codes AR ne va fonctionner correctement que si un code nommé Anti-DMA est activé. (en gros, il désactive un script anti-triche)
Sinon, des effets comme ceux que tu as expérimentés arrivent, et en sauvegardant sans les avoir vus, ça pourrit une partie.
Comme l'a dit Asia, comme le sac est concerné, tu peux récupérer la sauvegarde de ton émulateur, la mettre sur ton PC, et utiliser un éditeur de sauvegarde comme A-save pour retrouve un sac normal.
Après, comme certains émulateurs ont des formats de sauvegarde exotiques, je ne sais pas si tous peuvent être lus par A-save, mais ce n'est pas un souci.
Sinon, il faut utiliser d'autre codes afin de changer proprement le contenu des poches du Sac pour y virer les CS indésirables.
Au niveau des codes, la section cheat de Pokémontrash est très fournie sur la 3g, avec des précautions d'usage :
http://www.pokemontrash.com/codes-pokemon/codes-pokemon-emeraude.phpDans ton cas, il faudrait que tu sauvegardes, que tu places les CS en tête de ta poche Balls, et que tu actives l'Anti-DMA (toujours, sauf contre-indiqué) ainsi que le code pour mettre toutes les Balls dans ta poche Ct/Cs.
Certains émulateurs/AR ne gèrent pas entièrement l'Anti-DMA, ce qui peut induire ici des quantités bien trop élevées. (c'est pas méchant, mais c'est pas très joli)
Si jamais cela t'arrive et que tu veux avoir des quantités normales, laisse un message et j'aviserai.