Pour cet exemple j'utiliserai ce render:

trouvez ensuite une image de ce pokemon en shiny

on constate les changements de couleurs: l'orange devient noir, le bleu devient rouge, le ventre ne change pas.
on ouvre le render dans gimp et on duplique le calque autant de fois qu'il y a de partie de couleur. ici on a le ventre, la peau, les ailes, et la flamme donc on duplique 3fois pour avoir 4 calques.

ensuite, faites Couleurs>teinte saturation et jouez avec la teinte la saturation et la luminosité pour que la peau soit comme sur le shiny

répetez l'opération pour les ailles sur le calque suivant.

ensuite sur le premier calque, gommez toutes les parties qui ne doivent pas changer de couleur
pareil sur le deuxième calque

voila. bon la j'ai pas fait précis j'ai été vite pour sortir ce tuto rapidement. vous pouvez aussi sélectionner une couleur précise ou faire une sélection avant la teinte saturation